A Labrador színét két génpár szabályozza.  Az egyik pár szabályozza, hogy a Labrador sötét (fekete vagy csokoládé) színű legyen, vagy világos (sárga). A sötét domináns a világossal szemben. Tehát az EE (homozigóta domináns) vagy Ee heterozigóta) genotípusú Labrador sötét színű, csak az ee -- homozigóta recesszív) génpárral rendelkezők lesznek világosak.

A második génpár szerepe csak sötét Labradoroknál játszik szerepet. Ez a génpár szabályozza, hogy az egyed fekete (domináns) vagy csokoládé (recesszív) lesz. Tehát, egy sötét egyed (EE v. Ee) akkor fekete, ha második génpárja BB (homozigóta domináns) vagy Bb (heterozigóta), és csak akkor lehet csokoládé, ha a sötét (EE v. Ee) génpár mellett bb (homozigóta recesszív) génpárral rendelkezik.

Tehát, a fekete egyedek genotípusa lehet EEBB, EEBb, EeBB vagy EeBb. A sárgáké lehet eeBB, eeBb, vagy eebb. A csokoládé egyedek lehetséges génpárjai pedig EEbb vagy Eebb. Minden kölyök kap egy-egy E/e-t és B/b-t a kantól és a szukától, így még az is lehetséges, hogy egy tenyészpárnak, melynek mindkét tagja fekete színű, és mindkettő EeBb genotípussal rendelkezik, olyan alma szülesesn, melyben mindhárom szín megtalálható! Két sárga szülő viszont csak sárga kölyköket eredményezhet, hiszen az ő génjeikben nincsen jelen a sötét információ. Mivel a csokoládéknál pedig a fekete gén nem lehet jelen, csokoládé szülőknek sem lehet fekete kölyke.

Dudley (eebb): Érdekes módon az eebb génkombinációnk az eredménye egy sárga színű labrador csokoládé pigmenttel az orron, a szemek körül és a száj vonalán. A jelenlegi standard ezeket az egyedeket kizárja, mivel a sárga egyedek orra, szája és szemgyűrűje fekete kell legyen. A Dudley megjelölés egyébként olyan Labradorokra is vonatkozhat, melyeknek egyáltalán nincsen pigmentáció a fent leírt területeken (világos rózsaszínű), ám ez nagyon ritka, és általában egyéb genetikai defektekre utal. Ez az általános pigmenthiány a bőrön nem tévesztendő össze az oly sok fajtára jellemző "téli orral". Ez utóbbi jelenség csak az orra terjed ki, és csakis a téli hónapokban.  A száj és a szemgyűrű ilyenkor is fekete marad.